Tradycyjne badanie mikrobiomu jelitowego nie musi już być niewygodne, ponieważ zdecydowana większość badań mikrobiomu obejmuje prostą, nieinwazyjną, dyskretną procedurę pobierania w domu. Daje to konsumentom większą kontrolę nad tym, jak, kiedy i gdzie pobierają próbkę kału.
Jasne, proste instrukcje dotyczące pobierania kału są niezbędne, aby zwiększyć przestrzeganie zasad przez konsumentów i zapewnić integralność próbki.
Najlepsza pora dnia na pobranie próbki
To zależy od różnych czynników. Niektóre protokoły pobierania kału zawierają zalecenia, podczas gdy inne pozostawiają decyzję Tobie.
Na przykład częstotliwość wypróżnień. Częstotliwość wypróżnień jest większa u mężczyzn i jest pozytywnie powiązana z aktywnością fizyczną i dietą (warzywną lub bogatą w błonnik). Tylko niewielka część kobiet wypróżnia się częściej niż raz dziennie.
Ponieważ niektóre badania sugerują, że naturalna zmienność mikrobiomu jelitowego wydaje się być powiązana z zegarem wewnętrznym i zmniejszać zmienność w ciągu dnia, która mogłaby potencjalnie wpływać na ocenę podłużną, prawdopodobnie najlepiej będzie wypróżnić się po pierwszym wypróżnieniu w ciągu dnia, aby zebrać je w jelitach. Poranek.
Ilość próbki do pobrania
Jonesa i in. opisał kał jako „złożoną matrycę materiału endogennego i egzogennego, zawierającą heterogeniczne rozmieszczenie mikroorganizmów”.
Skład bakterii różni się w zależności od tego, czy pobiera się próbki z powierzchni kału, czy z całego kału. Przykładowo wykazano, że wewnętrzne części kału zawierają większe ilości Firmicutes i Bifidobacteria spp. uwzględnione jako powierzchnia zewnętrzna. Ten wybór metody może mieć większy wpływ w przypadku słabo reprezentowanych taksonów – porcje z tej samej próbki kału mogą bardzo się od siebie różnić. W swoim badaniu Jones i wsp. spodziewali się, że czasowe zmiany w zbiorowiskach mikrobiomów w trzech punktach czasowych (próbki kału pobrane w odstępie kilku godzin) będą większe niż w przypadku wielokrotnego pobierania próbek z jednego kału (próbki pobrane z tej samej próbki kału, ale z różnych). miejsca zostały zajęte). U niektórych osób zmiany na powierzchni stolca były bardziej widoczne niż w ciągu 2 dni.
Różnice te mogą być związane z dwoma czynnikami: mikroorganizmy beztlenowe rozwijają się lepiej, gdy żyją w wewnętrznych częściach stolca, a bakterie znajdujące się na powierzchni stolca mogą w rzeczywistości być bakteriami nabłonkowymi, które „przywierają” do próbki kału podczas jego przemieszczania się jelita. Ponadto niektóre drobnoustroje lubią żyć na cząsteczkach o określonej wielkości i dlatego nie są równomiernie rozmieszczone w kale.
Aby znaleźć najlepszy kompromis, zalecamy pobranie reprezentatywnej próbki kału poprzez pobranie trzech małych próbek z różnych obszarów tego samego stolca.
Skala Bristolska
Podczas pobierania próbki kału należy mieć przy sobie skalę Bristolską, aby odnotować wygląd i gęstość kału. Skala stolca Bristol wskazuje czas trwania pasażu jelitowego, od 1 (twardy, uformowany stolec) do 7 (stoliec biegunkowy).
Zbieranie stolca biegunkowego może być trudne, szczególnie jeśli zbiera się go samodzielnie. Jeśli masz nietypowy okres biegunki, unikaj pobierania próbki kału w tym czasie. Jeśli nie jest to możliwe, pobieranie próbek powinno nadal być możliwe, ponieważ pojemnik na kał może pomieścić wystarczającą ilość próbki, a probówka do pobierania próbek jest wyposażona w szpatułkę przypominającą łyżkę.
W takim przypadku pobierz jak najwięcej próbki aż do linii „Wypełnij tę linię”.
Aby uniknąć błędnego przedstawienia profili mikrobiomu, konieczna jest homogenizacja stolca. Po zamknięciu korka probówki należy również bardzo dobrze wymieszać próbkę z płynem konserwującym.
Przechowywanie próbek
Idealnie byłoby, gdyby próbki mikrobiomu kału natychmiast po pobraniu zamrożono lub przechowywano w temperaturze -80°C, ale nie zawsze jest to możliwe. Kilka testów mikrobiomu jelitowego obejmuje koperty zwrotne, w których próbki są wysyłane pocztą lub w inny sposób odsyłane do laboratorium w celu analizy. Podczas transportu próbek nie ma możliwości przechowywania ich w stanie zamrożonym lub schłodzonym. Najważniejszą rzeczą jest jednak równe traktowanie wszystkich próbek, aby zapewnić powtarzalność.
Komercyjne probówki na próbki kału nadają się nie tylko do łatwego pobierania, ale także do krótkotrwałego i średnioterminowego przechowywania w temperaturze pokojowej. Istnieje kilka dostępnych na rynku opcji, które utrzymują stabilność profilu mikrobiomu w temperaturze pokojowej do 60 dni – np. Np. probówka OMNIgene Gut (DNA Genotec) – lub nawet do 2 lat – probówka do pobierania i konserwacji kwasu nukleinowego w stolcu (NORGEN).
Ten ostatni zawiera bufor konserwujący, dzięki któremu samodzielny odbiór w domu jest łatwiejszy i bezpieczniejszy niż całkowicie zamrożony stolec w domowych zamrażarkach, dla których nie ma zapisu temperatury. Może to zwiększyć ryzyko cykli rozmrażania, które mogłyby uszkodzić integralność DNA – dlatego nie przechowuj próbki w lodówce podczas oczekiwania na dogodny termin wysyłki.
Zalecamy pobranie próbki, przechowywanie jej w temperaturze pokojowej i jak najszybsze przesłanie do nas w celu przetworzenia w laboratorium.
Antybiotyki i probiotyki
Antybiotyki mogą potencjalnie mieć silny wpływ na skład mikrobiomu jelitowego, przy czym skutki będą większe, jeśli antybiotyki zostały przyjęte niedawno. Według Thomasa i in. W zależności od klasy antybiotyku i dawki, przywrócenie „normalnego” składu mikrobiomu może zająć od 6 miesięcy do ponad 4 lat po leczeniu. W rzeczywistości zmiany w mikrobiomie jelitowym wykryto u pacjentów leczonych innymi klasami leków, takimi jak omeprazol będący inhibitorem pompy protonowej lub przeciwcukrzycowy biguanid metformina.
Wykonywanie badania mikrobiomu jelitowego podczas leczenia antybiotykami nie jest dobrym pomysłem. Najlepiej byłoby odczekać co najmniej 3 miesiące przed wykonaniem badania mikrobiomu jelitowego i prowadzić rejestr wszelkich przyjmowanych dodatkowych leków i suplementów.
Tę samą uwagę można zastosować, myśląc o probiotykach. Jeśli chcesz szukać poprawy poprzez przyjmowanie pre/pro/synbiotyków lub suplementów, idealnie jest przetestować swój mikrobiom dwukrotnie: przed przyjęciem suplementów i około 3 miesiące później.
Odżywianie
Twoja dieta może wpływać na skład mikrobiomu jelitowego – czasami nawet w krótkim czasie.
Różne rodzaje diet mogą skutkować różnym składem mikrobiologicznym oraz różnym poziomem różnorodności i bogactwa jelit. Dieta bogata w błonnik (owoce, warzywa, produkty pełnoziarniste i rośliny strączkowe) sprzyja zróżnicowanemu i zrównoważonemu mikrobiomowi, podczas gdy dieta bogata w przetworzoną żywność , tłuszcze i uboga w błonnik sprzyja mniej zróżnicowanemu i potencjalnie mniej korzystnemu mikrobiomowi. społeczność drobnoustrojów może przewodzić.
Dlatego należy pobrać próbkę w czasie, gdy Twoja dieta jest jak najbardziej zbliżona do „normalnej” diety, ponieważ nagłe zmiany mogą nie być jej dokładnym odzwierciedleniem. Jeśli nie chcesz śledzić skutków zmiany diety, zaleca się wykonanie testu przed i po zmianie diety, aby sprawdzić, jak wpływa ona na mikrobiom jelitowy.
Referencje
- Jones i wsp. 2021. Metody pobierania próbek kału i pora dnia wpływają na skład mikrobiomu i stężenie krótkołańcuchowych kwasów tłuszczowych, raporty naukowe
- Thomas i wsp. 2015. Analiza mikroflory kałowej: przegląd metod pobierania próbek i strategii sekwencjonowania, Future Medicine.
- Oryginalny artykuł można znaleźć tutaj: https://medium.com/biome-diagnostics/testing-your-intestinal-microbiome-2058661dfec7
