Las pruebas convencionales del microbioma intestinal ya no tienen por qué ser incómodas, ya que la gran mayoría de las pruebas del microbioma implican un procedimiento de recogida en casa sencillo, no invasivo y discreto. De este modo, los consumidores tienen un mayor control sobre cómo, cuándo y dónde recogen su muestra de heces.
Unas instrucciones claras y sencillas para la recogida de heces son esenciales para aumentar el cumplimiento por parte del consumidor y garantizar la integridad de la muestra.El mejor momento para recoger una muestra de heces es en el hogar.
La mejor hora del día para recoger la muestra
Esto depende de varios factores. Algunos protocolos de recogida de heces dan una recomendación, mientras que otros dejan la decisión en tus manos.
Por ejemplo, tu frecuencia de defecación. La frecuencia de defecación es mayor en los hombres y está relacionada positivamente con la actividad física y la dieta (vegetal o rica en fibra). Sólo una pequeña proporción de mujeres defeca más de una vez al día.
La cantidad de deposiciones es mayor en los hombres que en las mujeres.
Cantidad de muestra a recoger
Jones et al. describieron las heces como "una matriz compleja de material endógeno y exógeno que contiene una distribución heterogénea de microorganismos".
La composición bacteriana varía en función del tipo de heces.
La composición bacteriana varía según se tomen muestras de la superficie de las heces o de heces enteras. Por ejemplo, se ha demostrado que las partes internas de las heces contienen mayores cantidades de Firmicutes y Bifidobacteria spp. que la superficie externa. Esta elección del método puede tener un mayor impacto cuando se trata de taxones poco representados: las alícuotas de la misma muestra de heces pueden ser muy diferentes entre sí. En su estudio, Jones et al. esperaban que los cambios temporales en las comunidades del microbioma a lo largo de tres puntos temporales (muestras de heces recogidas con horas de diferencia) fueran mayores que con el muestreo repetido de una sola deposición (muestras recogidas de la misma muestra de heces pero de distintos lugares). En algunas personas, los cambios a lo largo de la superficie de las heces eran más visibles que en el transcurso de 2 días.
Estas diferencias pueden estar relacionadas con dos factores: Los microorganismos anaerobios prosperan mejor cuando viven en las partes internas de las heces, y las bacterias que se encuentran en la superficie de las heces pueden ser en realidad bacterias epiteliales que se "aferran" a la muestra de heces mientras ésta viaja por el intestino. Además, a algunos microbios les gusta vivir en partículas de determinados tamaños y, por tanto, no están distribuidos uniformemente en las heces.
Estos componentes están incluidos en el kit de pruebas myBioma
.Para encontrar el mejor compromiso, te aconsejamos que tomes una muestra de heces representativa, tomando tres pequeñas muestras de diferentes zonas de las mismas heces.
Para encontrar el mejor compromiso, te aconsejamos que tomes una muestra de heces representativa, tomando tres pequeñas muestras de diferentes zonas de las mismas heces.
La escala de Bristol
Cuando tomes una muestra de heces, lleva contigo una Escala de heces de Bristol para documentar el aspecto y la densidad del material fecal. La escala fecal de Bristol da una indicación de la duración del tránsito intestinal, que oscila entre 1 (heces firmes y formadas) y 7 (heces con aspecto de diarrea).
La recogida de heces con aspecto de diarrea puede ser un reto, sobre todo si las recoges tú mismo. Si tienes un episodio inusual de diarrea, evita tomar la muestra de heces durante ese tiempo. Si esto no es posible, aún debería ser posible recoger una muestra, ya que el recipiente para heces puede contener suficiente muestra y el tubo de recogida está equipado con una espátula en forma de cuchara.
En este caso, toma una muestra de heces de un tamaño adecuado.
En este caso, toma tanta muestra como sea posible, hasta la línea de "llenar hasta esta línea".
La homogeneización de las heces es necesaria para evitar una representación errónea de los perfiles del microbioma. También debes mezclar muy bien la muestra con el líquido de conservación después de cerrar el tapón del tubo.
Conservación de la muestra.
Conservación de las muestras
En principio, las muestras de microbioma fecal deben congelarse inmediatamente después de su recogida o conservarse a -80 °C, pero esto no siempre es posible. Varias pruebas del microbioma intestinal incluyen sobres de devolución en los que las muestras se envían por correo o de otro modo al laboratorio para su análisis. Mientras las muestras están en tránsito, no es posible mantenerlas congeladas o refrigeradas. Sin embargo, lo más importante es tratar todas las muestras de la misma manera para garantizar la reproducibilidad.
Los tubos comerciales para muestras de heces no sólo son adecuados para recogerlas fácilmente, sino también para almacenarlas a corto o medio plazo a temperatura ambiente. Existen varias opciones comerciales que mantienen la estabilidad del perfil del microbioma a temperatura ambiente hasta 60 días -por ejemplo, los tubos OMNIgene Gut Tubes (DNA Genotec)- o incluso hasta 2 años -Tubo de recogida y conservación de ácidos nucleicos en heces (NORGEN)
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Este último contiene un tampón de conservación que facilita la recogida casera y la hace más fiable que las heces completamente congeladas en congeladores domésticos, para las que no hay registro de temperatura. Esto puede aumentar el riesgo de ciclos de descongelación que podrían dañar la integridad del ADN, por lo que te rogamos que no guardes tu muestra en el frigorífico mientras esperas un momento conveniente para enviarla.
Te recomendamos que recojas tu muestra, la guardes a temperatura ambiente y nos la envíes lo antes posible para procesarla en el laboratorio.
Antibióticos y probióticos
Los antibióticos pueden tener un fuerte impacto potencial en la composición del microbioma intestinal, siendo los efectos más fuertes si los antibióticos se han tomado recientemente. Según Thomas et al, dependiendo de la clase de antibiótico y de la dosis, el microbioma puede tardar entre 6 meses y más de 4 años después del tratamiento en volver a su composición "normal". De hecho, se han detectado cambios en el microbioma intestinal de pacientes tratados con otras clases de fármacos, como el inhibidor de la bomba de protones omeprazol o la biguanida antidiabética metformina.
Realizar un análisis del microbioma intestinal durante el tratamiento antibiótico no es una buena idea. Lo mejor sería esperar al menos 3 meses antes de hacer la prueba del microbioma intestinal y llevar un registro de los medicamentos y suplementos adicionales tomados.
La misma consideración puede aplicarse al pensar en los probióticos. Si quieres buscar mejoras por tomar pre/pro/sinbióticos o suplementos, lo ideal es analizar tu microbioma dos veces: antes de tomar los suplementos y unos 3 meses después.
Recomendamos esperar al menos 3 meses después de tomar antibióticos para analizar tu microbioma intestinal
.Nutrición
Tu dieta puede influir en la composición de tu microbioma intestinal, a veces incluso en un corto periodo de tiempo.
Diferentes tipos de alimentación pueden influir en la composición de tu microbioma intestinal.
Diferentes tipos de dieta pueden dar lugar a diferentes composiciones microbianas y diferentes niveles de diversidad y riqueza en el intestino. Una dieta rica en fibra (procedente de frutas, verduras, cereales integrales y legumbres) tiende a promover un microbioma diverso y equilibrado, mientras que una dieta rica en alimentos procesados, grasas y baja en fibra puede dar lugar a una comunidad microbiana menos diversa y potencialmente menos beneficiosa.
Por tanto, toma la muestra en un momento en que tu dieta sea lo más parecida posible a tu dieta "normal", ya que los cambios repentinos pueden no ser una representación exacta de ésta. A menos que quieras hacer un seguimiento de los efectos de un cambio de dieta, se recomienda analizar antes y después del cambio de dieta para explorar cómo ha afectado a tu microbioma intestinal.
Referenzen
- Jones et al 2021. Fecal sample collection methods and time of day impact microbiome composition and short chain fatty acid concentrations, Scientific Reports
- Thomas et al 2015. Fecal microbiota analysis: an overview of sample collection methods and sequencing strategies, Future Medicine.
- Der Originalartikel ist hier zu finden: https://medium.com/biome-diagnostics/testing-your-intestinal-microbiome-2058661dfec7
