Die herkömmliche Untersuchung des Darm-Mikrobioms muss nicht mehr unangenehm sein, da die überwiegende Mehrheit der Mikrobiomtests ein einfaches, nicht-invasives, diskretes Sammelverfahren zu Hause umfasst. Auf diese Weise haben Verbraucher eine höhere Kontrolle darüber, wie, wann und wo sie ihre Stuhlprobe entnehmen.
Klare, einfache Anweisungen zur Stuhlentnahme sind grundlegend, um die Einhaltung durch Verbraucher zu erhöhen und die Integrität der Proben zu gewährleisten.
Der beste Tageszeitpunkt für die Entnahme deiner Probe
Das hängt von verschiedenen Faktoren ab. Einige Stuhlentnahmeprotokolle geben eine Empfehlung, während andere dir die Entscheidung überlassen.
Zum Beispiel von deiner Stuhlgangshäufigkeit. Die Stuhlgangshäufigkeit ist bei Männern höher und steht in positivem Zusammenhang mit körperlicher Aktivität und Ernährung (pflanzlich oder ballaststoffreich). Nur ein kleiner Anteil von Frauen hat mehr als einmal täglich Stuhlgang.
Da einige Forschungen darauf hindeuten, dass die natürliche Unbeständigkeit des Darm-Mikrobioms mit der inneren Uhr verbunden zu sein scheint und um die innerhalb eines Tages auftretende Variabilität zu reduzieren, die möglicherweise eine longitudinale Auswertung verzerren könnte, ist es wahrscheinlich am besten, die erste Darmentleerung des Tages am Morgen zu sammeln.
Menge der zu sammelnden Probe
Jones et al. beschrieben Stuhl als “eine komplexe Matrix aus endogenem und exogenem Material, die eine heterogene Verteilung von Mikroorganismen enthält”.
Die bakterielle Zusammensetzung variiert je nachdem, ob du die Oberfläche des Stuhls oder ganze Stuhlproben entnimmst. Als Beispiel wurde gezeigt, dass die inneren Teile des Stuhls höhere Mengen von Firmicutes und Bifidobacteria spp. enthalten als die äußere Oberfläche. Diese Wahl der Methode kann einen größeren Einfluss haben, wenn es um wenig vertretene Taxa geht – Aliquots aus derselben Stuhlprobe können sehr unterschiedlich voneinander sein. In ihrer Studie erwarteten Jones et al., dass zeitliche Verschiebungen in Mikrobiom-Gemeinschaften über drei Zeitpunkte (Stuhlproben, die Stunden voneinander entfernt gesammelt wurden) größer wären als bei wiederholter Probenentnahme aus einem einzigen Stuhl (Proben, die aus derselben Stuhlprobe, aber von verschiedenen Stellen entnommen wurden). Bei einigen Menschen waren Veränderungen entlang der Oberfläche des Stuhls sichtbarer als im Verlauf von 2 Tagen.
Diese Unterschiede können mit zwei Faktoren in Verbindung gebracht werden: Anaerobe Mikroorganismen gedeihen besser, wenn sie in den inneren Teilen des Stuhls leben und Bakterien, die auf der Oberfläche des Stuhls gefunden werden, könnten tatsächlich Epithelbakterien sein, die sich an der Stuhlprobe “festklammern”, während sie durch den Darm wandert. Zusätzlich leben einige Mikroben gerne an Partikeln bestimmter Größen und sind daher im Stuhl nicht gleichmäßig verteilt.
Um den besten Kompromiss zu finden, raten wir dir, eine repräsentative Stuhlprobe zu entnehmen, indem du drei kleine Proben aus verschiedenen Bereichen desselben Stuhls entnimmst.
Die Bristol-Skala
Wenn du eine Stuhlprobe entnimmst, habe eine Bristol-Stuhl-Skala dabei, um das Aussehen und die Dichte des Stuhlmateriales zu dokumentieren. Die Bristol-Stuhl-Skala gibt einen Hinweis auf die Dauer des Darmtransits, der von 1 (fester, geformter Stuhl) bis 7 (durchfallartiger Stuhl) reicht.
Die Entnahme von durchfallartigem Stuhl kann eine Herausforderung sein, besonders wenn du sie selbst entnimmst. Wenn du eine ungewöhnliche Phase von Durchfall hast, vermeide die Entnahme der Stuhlprobe während dieser Zeit. Falls dies nicht möglich ist, sollte eine Probenentnahme dennoch möglich sein, da der Stuhlbehälter genügend Probe aufbewahren kann und das Sammelröhrchen mit einem löffelartigen Spatel ausgestattet ist.
In diesem Fall entnehme so viel Probe wie möglich, bis zur “Fill to this line”-Linie.
Die Homogenisierung des Stuhls ist notwendig, um eine falsche Darstellung der Mikrobiomprofile zu vermeiden. Du solltest deine Probe auch nach dem Verschließen des Röhrenverschlusses sehr gut mit der Konservierungsflüssigkeit vermischen.
Die Aufbewahrung der Proben
Idealerweise sollten Stuhl-Mikrobiomproben sofort nach der Entnahme eingefroren oder bei -80°C aufbewahrt werden – doch das ist nicht immer möglich. Mehrere Tests des Darm-Mikrobioms umfassen Rückumschläge, in denen Proben per Post oder auf andere Weise zurück ins Labor zur Analyse geschickt werden. Während sich die Proben auf dem Transportweg befinden, ist es nicht möglich, sie eingefroren oder gekühlt zu halten. Das Wichtigste ist jedoch, alle Proben gleich zu behandeln, um die Reproduzierbarkeit zu gewährleisten.
Kommerzielle Stuhlprobenröhrchen eignen sich nicht nur zur einfachen Entnahme, sondern auch zur kurz- bis mittelfristigen Lagerung bei Raumtemperatur. Es gibt mehrere kommerziell erhältliche Optionen, die die Stabilität des Mikrobiomprofils bei Raumtemperatur bis zu 60 Tagen aufrechterhalten – z. B. OMNIgene Gut-Röhrchen (DNA Genotec) – oder sogar bis zu 2 Jahren – Stool Nucleic Acid Collection and Preservation Tube (NORGEN).
Letzteres enthält einen Konservierungspuffer, der die Eigenentnahme zu Hause einfacher macht und zuverlässiger ist als komplett gefrorener Stuhl in heimischen Gefrierschränken, für die es keine Temperaturaufzeichnung gibt. Dies kann das Risiko von Auftauzyklen erhöhen, die der DNA-Integrität schaden könnten – daher bewahren deine Probe bitte nicht im Kühlschrank auf, während du auf einen günstigen Zeitpunkt zum Versand warten.
Wir empfehlen, deine Probe zu entnehmen, bei Raumtemperatur aufzubewahren und sie so bald wie möglich an uns zu versenden, um sie im Labor zu verarbeiten.
Antibiotika und Probiotika
Antibiotika können potenziell einen starken Einfluss auf die Zusammensetzung des Darm-Mikrobioms haben, wobei die Auswirkungen stärker sind, wenn die Antibiotika kürzlich eingenommen wurden. Laut Thomas et al. kann es, abhängig von der Antibiotikaklasse und der Dosierung, zwischen 6 Monaten und mehr als 4 Jahren nach der Behandlung dauern, bis dein Mikrobiom seine “normale” Zusammensetzung wiederherstellt. Tatsächlich wurden bei Patienten, die mit anderen Medikamentenklassen wie dem Protonenpumpenhemmer Omeprazol oder dem antidiabetischen Biguanid Metformin behandelt wurden, Veränderungen im Darm-Mikrobiom festgestellt.
Die Durchführung eines Darm-Mikrobiom Tests während einer Antibiotikabehandlung ist keine gute Idee. Am besten wäre es, mindestens 3 Monate zu warten, bevor du den Darm-Mikrobiom Test durchführst, und eine Aufzeichnung über die Einnahme zusätzlicher Medikamente und Nahrungsergänzungsmittel zu führen.
Die gleiche Überlegung kann angewandt werden, wenn du an Probiotika denkst. Wenn du nach Verbesserungen durch die Einnahme von Prä-/Pro-/Synbiotika oder Nahrungsergänzungsmitteln suchen möchtest, ist es ideal, dein Mikrobiom zweimal zu testen: vor der Einnahme von Nahrungsergänzungsmitteln und etwa 3 Monate später.
Ernährung
Deine Ernährung kann die Zusammensetzung deines Darm-Mikrobioms beeinflussen – manchmal sogar in kurzer Zeit.
Verschiedene Arten von Diäten können zu unterschiedlichen mikrobiellen Zusammensetzungen und verschiedenen Ebenen von Diversität und Reichhaltigkeit im Darm führen. Eine ballaststoffreiche Ernährung (aus Obst, Gemüse, Vollkornprodukten und Hülsenfrüchten) neigt dazu, ein vielfältiges und ausgewogenes Mikrobiom zu fördern, während eine Ernährung, die reich an verarbeiteten Lebensmitteln, Fetten und arm an Ballaststoffen ist, zu einer weniger vielfältigen und potenziell weniger vorteilhaften mikrobiellen Gemeinschaft führen kann.
Daher entnehmen die Probe zu einem Zeitpunkt, an dem deine Ernährungsweise so nah wie möglich an deiner “normalen” Ernährungsweise liegt, da plötzliche Änderungen möglicherweise keine genaue Darstellung dieser sind. Es sei denn, du möchten die Auswirkungen einer Ernährungsumstellung verfolgen, dann wird empfohlen, vor und nach der Änderung der Ernährung zu testen, um zu erkunden, wie diese dein Darm-Mikrobiom beeinflusst hat.
Referenzen
- Jones et al 2021. Fecal sample collection methods and time of day impact microbiome composition and short chain fatty acid concentrations, Scientific Reports
- Thomas et al 2015. Fecal microbiota analysis: an overview of sample collection methods and sequencing strategies, Future Medicine.
- Der Originalartikel ist hier zu finden: https://medium.com/biome-diagnostics/testing-your-intestinal-microbiome-2058661dfec7
